Игра является приквелом Deus Ex. Её действия будут развиваться в 2027 году (действия оригинальной игры развивались в 2052 году). Главного героя зовут Адам Дженсен, и он работает в службе безопасности корпорации Sarif Industries, мирового лидера по производству имплантатов для людей. Под прикрытием толпы, выступающей против аугментации, на штаб-квартиру компании в Детройте совершается организованное нападение. Неизвестные киберусовершенствованные агенты провоцируют полицию, сдерживающую беспорядки, открыть огонь по бунтующим людям. Сам Адам был сильно покалечен. Чтобы узнать, кто стоит за нападением, Адам проходит процедуру вживления имплантатов и начинает собственное расследование.